花粉症は、アレルギ−反応のひとつで、アレルギ−性鼻炎ともいわれていますが、アレルギ−をおこす原因物質（抗原）の種類によって、大きく２つに分類されます 。

人体には、外部から侵入してくる異物（抗原）に対して、その物質に対抗する働きのある物質（抗体）を作り出して、からだを守ろうとする免疫機能（抗原抗体反応）がそなわっています。
この免疫機能は、からだを異物から守ろうとする働きをするはずなのですが、時と場合によっては、人体に不快な症状をまねき、さまざまな病気の原因となることもあります。
つまり、免疫機能は、細菌やウイルスなどのからだに良くない異物（抗原）を倒すことが本来の役割なのですが、例えば、スギ花粉のようにからだに害のない物質にも異常に反応してしまい様々な不快な症状を引き起こすことを、アレルギ−といいます。

花粉症の場合は、アレルギ−を引き起こす原因物質＝抗原（例えば、スギ花粉）が鼻に入ってきた時、くしゃみで追い出し、鼻水で洗い流し、鼻づまりで中に入りにくくします。
このようなからだの反応は、目的にかなった生理反応なのですが、症状がひどい場合には生活に影響をおよぼす場合もあり、適切な治療が必要になります 。

ＩｇＥ抗体は、花粉（抗原）と接触を繰り返すうちに体内に蓄積されていきます。
このＩｇＥ抗体の蓄積が一定の水準まで達すると、花粉症が起こる条件が整った状態になります。このような状態で、再び花粉（抗原）が体内入りＩｇＥ抗体と結びついた時に花粉症が現れます。
また、ＩｇＥ抗体が生まれつき作られやすい体質の人がいますが、このような体質をアレルギ−体質といい、花粉症だけでなくアトピ−性皮膚炎や気管支喘息とも深く関わっています。 抗原である花粉がくり返し鼻腔内に入ってくると、鼻粘膜では肥満細胞以外の炎症細胞も多くなり、症状が強くなり長く続くようになります。（慢性化）
くしゃみ・鼻水と鼻づまりでは、原因が異なりますので、用いるお薬も違ってきます 。